細菌やウイルスに感染することによって発症するものもあるが、多いのは、アフタ性口内炎です。その発症のメカニズムとして以下のことが考えられています。

• 偏食による鉄分やビタミンの不足
• ストレスや睡眠不足
• 不正咬合や、歯ブラシなどによる粘膜への物理的刺激（口内を噛むなど）
• 唾液の不足、口腔の乾燥
• 口腔内の不衛生
• 歯磨き粉成分による粘膜の損傷（ラウリル硫酸ナトリウムなど）

また、口内炎になりやすい体質の人（食物アレルギーの人や粘膜の薄い人）もいる。さらに、ビタミン欠乏症の症状として口内炎が現れることもある。